秘鲁军队是在19世纪初反对西班牙殖民统治和争取民族独立斗争中诞生和发展起来的。总统为武装力量最高统帅。国防委员会为最高军事决策机构，总统任主席。最高军事指挥机构是武装力量联合指挥部，由三军司令组成，直属总统领导，成员为三军总司令，并轮流担任主席。现任联指司令何塞·威廉姆斯·萨帕塔上将（José Williams Zapata），陆军司令塞萨尔·雷诺索·迪亚斯上将（César A. Reinoso Díaz），海军司令豪尔赫·奥古斯托·安普埃罗·特拉武科上将(Jorge Augusto Ampuero Trabucco)，空军司令路易斯·费利佩·孔德·加拉伊上将（Luis Felipe Conde Garay），国民警察局长路易斯·蒙托亚·比利亚努埃瓦少将(Luis Montoya Villanueva)。秘鲁实行义务兵制，服役期两年。

　　2004年秘总兵力11.5万人。陆军7.5万人，设6个军区，编有14个师、3个大队、5个支队、3个直升机中队，装备各类坦克410辆、装甲运输车280辆、装甲侦察车165辆、各种火炮830余门；各类飞机88架。海军2.5万人（包括陆战队3000人和海军航空兵800人），设有5个海区，共有各类舰艇66艘，其中巡洋舰2艘、驱逐舰1艘、导弹护卫舰4艘、潜艇8艘、导弹快艇6艘，飞机40余架。空军1.5万人，编有4个飞行联队，1个训练司令部；装备各种飞机428架，其中作战飞机118架、武装直升飞机23架。1992年从尼加拉瓜购进苏制武装直升飞机19架，1996年从俄罗斯购进米格—29战机10架。另有预备役部队18.8万人（陆军），准军事部队7.4万余人。2004年，秘国防预算28.06亿新索尔，占政府开支的6.36％。