马拉尼翁河左岸较大的支流有帕克查(Paccha)河、查马亚(Chamaya)河、切涅帕(Cenepa)河、圣地亚哥河[Santiago，该河还有2条支流：保持(Paute)河、萨莫拉(Zamora)河、莫罗纳(Morona)河、帕斯塔萨(Pastaza)河、努库赖(Nucuray)河、乌里图雅库(Urituvacu)河、钱比拉(Chambira)河和蒂格雷(Tigre)河.该河还有以下支流汇入：平多雅库(Pindoyacu)河、科纳姆波(Conambo)河、唐加拉纳(Tangarana)河和科里思特(Corrientes)河]等。